于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置像。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被颁夺文官身份和以前恩赐的祖先浩命。
　　张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被俄家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾销，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
　　等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真象。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿子如何进入翰林院以及皇帝陵墓风水好坏的恐怕很少，甚至借这个题目可以拥戴首辅以便自己升官的也不能太多。应当注意的仍是张居正本身是一个令人感情激动的题目。只要一提起他的名字，就立刻引起很多人气愤，因此反对者不一定要费很大的气力，即可以利用各文官间对故太师的反感，排斥他所接近的人，如侍郎表讲官高启愚、利部尚书徐学漠和他申时行自己。
　　为什么张居正这样令人痛恨？原因在于他把所有的文官摆在他个人的严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁或贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。这些官员之间关系复杂，各有他们的后合老板以及提拔的后进。他们又无一不有千丝万缕的家族与社会关系，因之得罪了一个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办、法，是和全国的读书人作对。

　　张居正又错误地使用了懈复这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和绘事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。
　　1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。
　　为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邻元标，除了上书触怒圣颜之外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学漠。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。

　　1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免，而且这33人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种想道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。
　　他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
　　在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前海谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。
　　反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？

　　管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生间隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生牌隙。申时行用恕道待人，又鼓励城信，就是期望各人自动地各尽其能地补救够隙。申时行的立论并非没有理由，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
　　推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪，讲解“四书”和其他经史，然而最近以来，申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪，经筵也久被搁置。申先生内心明白，经过张居正事件之后，皇帝对各种告汗、争论和答辩已经不感兴趣，他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教，就听说“王者无戏言”，天子应对一切事物认真，更要在一句一语之间，相信亲信人的话。而现在看来，每个人都是说管说，做管做，两不相干，这又何怪乎他怀疑一切？他之所谓“讪君卖直”，就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对，因为这是“四书”中的准则，又是祖先的训示，不容置辩。可是以他的聪明敏感，谁又能够保证他在内心深处，没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊？
　　皇帝放弃诚意，使申时行至为不安。然而他没有更好的办法，只好自己坚持信心，静待时机的好转。可是无情的时光，究竟还有多少让申时行来安排和等待呢？1587年，即万历十五年的秋天，他作为首辅已四年有半，今后还有四年，他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间，那么太傅兼太子太师左柱国中极殿大学士申时行即想在文渊阁再多留一天，也是不能为时势所容许的了。