在这一年里，群臣遵照万历的意见不再以立储相催促，但却都感到了气氛的沉重。也有很多人怀疑申时行已经为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，使他们拥护常询。1591年春天，万历打算授予申时行以太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行坚决辞谢，万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，这也是没有前例的。申时行又一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐。以上的提议虽然都没有成为事实，但是已经使申时行感到窘迫。这种特殊的宠信使别人因羡生妒，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了困难。申时行纵然以长厚著称，但官员们决不会愿意这个位极人臣的首辅再立下拥立太子的新功。就在这时候，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历9月，福建企事李馆参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问题，按照他的情报，地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官，冒着丢掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话。这位上书言事的官员在事后被革职为民，但在文官们看来，这种牺牲决不会是没有意义的。此人既已博得了忠臣的名声，而他的计算如果正确，他回复职加官，也是意中之事。
　　阳历10月，工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。皇帝的未批使全体文官为之瞠目咋舌。未批说，他早已声明不难臣下在一年之内催促他立储，这个工部官员借编造预算为名而行催促之实，这就是违反了他的命令，而他也就必须按照声明中所说的那样，把立储延后。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，太君如此缺乏诚意，他将用什么来维持威信，统治国家？于是他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。因为申时行正在病中，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔。但这份奏章仍然由申时行领衔。
　　这一大规模的抗议使龙心赫然震怒。申时行获知皇帝的反应，立即呈上一份揭帖，说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字，他事先却并未与闻。被孤立的皇帝亲自在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱。事情本来可以在这里结束，因为大学土的揭帖系秘密文书，经过御览以后向例是退回本人而不公布的。但是这一揭帖偏偏为许国所截获，他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。申时行立刻向给事中索回原件不准公布，但其内容已经在文官中传遍，而且这种索取已发科抄写的文件也属违背成宪。
　　这样重大的事件逼得当时值目的绘事中参劾申时行，参劾的措辞还十分严厉，说他“遁其辞以卖友，秘其语以误君。阳附群众清立之议，明缀其事以为内交之计”，“陛下尚宽而不诛，高庙神灵必阴硬之’。这意思说，申时行是一个十足的两面派和卖友误君的小人，即使皇上不加处罚，洪武皇帝的神灵也会对他加以珠戮的。
　　万历皇帝开始并没有体会事情的严重性。他降旨勒令这个给事中降级调往外省，并命令申时行照常供职。申时行准备遵旨回到内阁，然而文官们的情绪已经如火如荼，不可遏止，一个接着一个递上了参劾申时行的本章。很明显，申时行无法抵御这些道德上的控诉，他的威信已经扫地以尽，再也无法取得同燎的信任。这种局势一经明朗，他除了辞职以外，别无他途可供选择。在这种情况下，皇帝的慰留也无济于事。要是再恋栈不去，他就必然成为张居正第二。

　　在听任申先生离职之前，皇帝不能没有必要的措施以重振自己的权威。那个发难参劾申时行的给事中由降级外调而加重为革职为民。这是因为他受到了文官的表扬，而要皇帝收回处罚他的成命；而在皇帝那里，虽然无法挽留群臣所不齿的大官，却必须表示有能力斥退他们所欣赏的小官。其次轮到了二辅许国。多年来他和申时行在表面上似乎同心协力，这一事件暴露了他对申时行的嫉忌，而他故意公开申时行的秘密揭帖，说明了他的秉性并非忠厚，这种人自也不应在御前担任要职。由此，许国也被参劾，皇帝批准他“回籍调养”。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈。
　　在这一场悲剧性的冲突之中，没有人取得胜利。立储一事竟惹起了如许风波，使两个大学土相继离职。既然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因为怕把事情弄僵而不可收拾。万历也很清楚，无论他多么宠爱郑贵妃和常询，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，这是与他所崇奉的佛教宗旨相违背的，而且流血之后也未必就能如愿以偿。基于双方的这种考虑，就形成了暂时的僵持局面。
　　在处理立储这个问题上，万历犯了很多错误。他的第一步是册封郑氏为皇贵妃，位于皇后之下而在其他妃嫔之上。子以母贵，常询超越常格而立为皇储，就可以顺理成章。然而在绝大部分文臣看来，这是以幼苗长，自然不合于伦常之道。
　　万历本人也同样找不到充分的理由以公开自己的意图，他只能找出种种借口来拖延。第一个借口是常洛年纪太小，经不起各种典礼的折磨，第二个借口就是上面所说的立储大计属于皇帝的职权，不容许任何人加以干扰逼迫。在和廷臣往来争辩之际，他又突然别作心裁，同日册封三个儿子为王而不册封太子。臣僚们不接受这个办法，他又找出了第三个借口，即皇后年纪尚轻，仍有生育的可能；如果皇后生下儿子，那就是当然的太子而用不着任何争议了。这种种借口既表明了他缺乏信用，也暴露了他没有气魄，因而官员们的抗议也决不会就此偃旗息鼓。
　　这种僵持的局面，应该看做本章一开始所说的“宪法危机”。因为僵局之不能打破，原因不在于法律。法律的问题始终没有被人提起，即皇帝如果一定要废长立幼，他并不是找不到理论上的依据。假如我们的帝国真正能够实行法治，而继承皇位这个问题又由一个具有独立性的法庭来作出判决，那么皇帝委托律师根据成文法和不成文法来作辩护，他是很有胜诉的可能的。
　　第一，常洛并不天生即具有继承大统的权利，他的几个弟弟也同样没有这种权利。因为皇帝的儿子在被册封以前统统没有名义，否则就用不着特别举行封太子或封王的规定了。第二，立长而不立幼，只是传统的习惯而不是强制性的法规，这在永乐登极之后更为明显。他以太祖洪武皇帝第四子的身分，用“清君侧”的名义，从他的侄子建文皇帝手中夺得了皇位而根本不考虑他的二哥和三哥两房的优先继承权。所以在20之后还要坚持继承皇位必须按出生次序，就等于否定了永乐皇帝的合法性。第三，根据太祖供武皇帝的规定，嫡子有继承皇位的优先权，可见皇子的地位决定于其母亲的地位，而出生年月乃属次要。常洛之母为恭妃，常询之母则为是贵妃，前述子以母贵的原则在祖训前仍然大可商酌。第四，如果万历非立常询不可，他还可以废去孝端皇后而立郑氏，使常询成为名正言顺的嫡子。在本朝历史上，宣德、景泰、成化、嘉靖四朝都有废后之举而并未因此发生政治波澜。

　　为什么万历在这个问题上没有采取更为强硬的立场，例如坚决地公开宣布他的主张，而且一口咬定计属于他的权力范围，不容旁人置晚而且进一步以意图不能实现即自动退位作为威胁，这都已经无法找到答案了。也许有一条理由可以作为解释，即本朝不是以法律治理天下臣民，而是以“四书”中的伦理作为主宰。皇帝和全国臣民都懂得父亲对儿子不能偏爱，哥哥对弟弟负有教导及爱护的义务，男人不能因为宠爱女人而改变长幼之序。正因为这些原则为天下人所普遍承认，我们的帝国才在精神上有一套共同的纲领，才可以上下一心，臻于长治久安。如果仅仅凭法律的条文作为治国的依据，则我们立国的根本就成了问题，一千多个县令也很难以父母官的身分领导他治下成千成万的庶民。所以，万历要弃长立幼的企图，纵使在法律上有可以左右迁就之处，但在坚持传统观念的臣僚心目之中，却早已不直于钢常伦理。臣僚们从来没有听说法律的施用可以与圣贤的教导相违，即使是皇帝也不得不承认这一点。在这样强大的道德和舆论的压力之下，他在公开场合不得不发表违心之论，否认他有弃长立幼的企图。
　　心里的愿望难于实现而且无法明言，同时又缺乏可以密商的智囊人物，从此他就成了一个孤独的君主。他很想把内阁大学士拉到自己这一方面来，但也不敢公然出口。而事与愿违，历届的首辅都以群臣的发言人自居，不断地催促皇帝按长助之序册立常在为太子。催促无效，首辅只能引咎自责，桂冠而去。这样一来，做皇帝的不得不应付几个个性完全不同的首辅，应付几种不同方式的催促，因而搜索出来的理由就前后不能一致，从而使人更清楚地感觉到他确实缺乏诚意。
　　虽然形势对他十分不利，他仍然不放弃他的愿望。臣僚们纷纷猜测，究竟是皇帝受到了郑氏的逼迫，以致一意孤行，还是他想用拖延的办法，等待皇后自然地死去？孝端皇后的健康情况据说极有问题，如果一旦不讳，皇贵妃郑氏递补而为皇后，就足以使任何人找不到根据加以反对。但是孝端皇后偏偏不肯合作，她带病延年，仅仅比皇帝早死4个月。而这时由于众意难违，万历早已屈服，常洛被封为太子已经20年了。
　　分析上述问题，还有一个因素不能排除，就是在万历登极以后，虽然坐在他祖先坐过的宝座之上，但他的职责和权限已经和他的前代有所不同。他的祖先，一言一行都被臣下恭维为绝对的道德标准，而他却是在他的臣僚教育之下长大的。他的责任范围乃是这群文臣们所安排的。他的感情更需作绝对的抑制。这前后不同之处尽管在形式上含蓄，实质上却毫不含糊。原因是开国之君主创建了本朝，同时也设立了作为行政工具的文官制度，而今天的文官却早已成熟，他们所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，其任务就是在他们的争端无法解决时作出强制性的仲裁。他们要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。坦率地说，就是皇帝最好毫无主见，因此更足以代表天命。这种关系，已经由万历的曾叔祖弘治作出了榜样。弘治皇帝愈是谦抑温和，听凭文臣们的摆布，文臣们就愈是称颂他为有道明君。

　　这样的一个皇帝，实际上已经不是国事的处置者，而是处置国事的一个权威性的象征。他应该做到寓至善于无形。如果他能够保持感情与个性的真空，经常演习各种礼仪，以增强抽象的伦理观念，他就和上述要求恰相符合。
　　多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常询的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。
　　1587年以后的内外形势并不平静，杨应龙在西南叛变，脖拜在宁夏造反，日本的关白丰臣秀吉侵占朝鲜，东北的努尔哈赤在白山黑水间发难，但内外兵事都没有像建储一事能在廷臣中引起这么多的纷纷扰扰。两万名身穿锦袍的文官所最关心的，乃是今上皇帝一旦官车宴驾，谁将继他登上宝座。即使在常洛封为太子、常询去河南之国之后，事情仍然没有结束。那位掩袖工谗的郑氏日夜挨在皇帝身旁，谁敢担保情况不起变化？因之有的忠耿之臣就慷慨陈词，请求皇帝不要好色，自古以来，美人就是引诱人做坏事的一种因素。跟着就是谣言蜂起。有的绘声绘色地描述了官闹中已产生了各种阴谋。有人说，在宫中发现了木刻的偶像。人们普遍相信，如果一个精于巫术的人每过七天给这个偶像插上一根针，偶像所摹拟的人就会病入骨髓，百药罔效。难道贵妃郑氏真想用这种方法置常洛于死命？更令人不安的是据说还发现了皇帝和皇后的偶像。
　　在惶惶不安的气氛中，又出现了一件奇特的事情。有一个大学土沉鲤，在文渊阁的大门旁边竖立了一块木板，上面写着十项做官的戒律。每天上班的时候，他就站在牌前低声诵读，念念有词。不久，宫中就传遍了沉阁老的谣言，据说他在一块写有怪字的木牌前面施法诅咒。皇帝十分惊奇，叫人把木牌取来过目，看过之后随即斥责宦官胡说八道，无事生非。
　　有些谣言还记录于史书。比如说恭妃王氏是一个年长的女人，在和万历邂逅相遇的时候就已经消失了青春。此后她又一目失明，所以不能继续得到皇帝的宠爱。另外一个故事则说是万历病重，自度即将不起，有一天一觉醒来，发现恭妃王氏的胳臂正枕在他的脑袋下，脸上的泪痕未干，而贵妃郑氏则无影无踪。还有一个故事提到了常洛的祖母慈圣太后。她反对皇帝弃长立幼的企图，为此和他作了一次专门的谈话：